Dans le collège Cross, étudiants humains et vampires cohabitent secrètement. Yuki, avec l'énigmatique Zero, doit s'assurer que cette cohabitation reste pacifiste. La jeune fille souhaite un futur dans lequel Hommes et vampires puissent coexister sans se combattre. Une conviction dictée aussi par les sentiments qu'elle éprouve pour le noble Kaname, le chef charismatique des vampires du collège. Un garçon qui, un jour, lui a sauvé la vie...