Planète Terre. Un an après le retour de la mission Annex 1.Parmi les survivants de l'équipe japonaise, certains ont choisi de poursuivre le combat contre la vermine rampante en intégrant la société privée, Hajime Security. Akari, désormais chef de patrouille au siège tokyoïte, protège donc la population qui ignore tout de l'existence des Terraformars dont la menace se fait de plus en plus prégnante. Différents des cafards martiens, ceux-ci semblent avoir un plan pour l'humanité... En effet, des milliers d'habitants ont mystérieusement disparu sans laisser de traces. La guerre se fait désormais à domicile !