Le corps d'un homme flottant dans les airs en plein Shinjuku, un trou dans la poitrine : une mort violente et mystérieuse.
Huit ans plus tard, Yodomi Arakawa, le fils de la victime, a enfin retrouvé une vie normale, jusqu'au jour où il reçoit un étrange paquet à l'intention de son père. En l'ouvrant, le jeune homme s'évanouit. Quelques instants plus tard, Yodomi se réveille avec le pouvoir de devenir invisible et il fait la connaissance d'un crâne doué de parole. Ce dernier dit s'appeler Yamamoto et se révèle être le responsable de la mort de son père...