Ce spin-off de la série originale Saint Seiya prend place peu de temps après la bataille du Sanctuaire qui opposa les chevaliers de bronze d'Athéna aux chevaliers d'or du Sanctuaire menés par le grand Pope. On y retrouve cette fois les Saintia, des jeunes femmes chevaliers qui ont elles aussi juré fidélité et obéissance à la déesse Athéna.

Shôko, une jeune lycéenne, est sans nouvelle de sa grande soeur Kyôko depuis que cette dernière est devenue boursière de la fondation Grad. Elle décide de partir à sa recherche et va tenter de parler à Saori Kido lors de sa venue dans son lycée. C'est aussi le moment que choisit la déesse de la discorde, Eris, pour s'emparer de l'enveloppe charnelle de Shôko. Kyôko apparaît alors pour sauver sa soeur, lui révélant qu'elle fait partie d'un corps secret de guerrières dévouées à la déesse Athéna: les Saintia.