Alors que la Team Plasma s'est emparée de Zekrom, Fulguri Boréas et Démétéros, tout espoir paraît perdu. Pourtant, Zhu croit voir en Noir le salut, lui qui semble avoir été choisi par Reshiram. De son coté, Blanche et Bianca vont faire la connaissance de Meloetta, un mystérieux pokémon légendaire...