Après avoir longtemps hésité, Shiki est retourné dans son village de naissance à la recherche de ses origines. Accompagné de Kabané et Akira, il y retrouve son oncle ainsi qu'un mystérieuse jeune fille. Grâce à ses souvenirs longtemps enfouis, il va mettre au jour les atrocités subies par sa mère alors qu'il était encore enfant. Les jeunes détectives de l'agence Inugami vont devoir relever un défi sans précédent.