Après avoir découvert les mille et une merveilles de la cité perdue de Xerxes, Edward est de retour dans son village natal de Resembool. Alors qu'il se rend au cimetière de la petite bourgade, il va y faire une rencontre inattendue qui lui permettra d'en apprendre plus sur la transmutation de sa mère...

Pendant ce temps, à Central City, le danger est partout. Scar continue son jeu de massacre dans le rang des alchimistes d'État. Les homonculi, plus dangereux que jamais, sont bien décidés à mener à terme leurs plans machiavéliques. Qui pourra enfin percer le secret de cette organisation mystérieuse ? Les frères Elric vont-ils pouvoir retrouver leurs corps ? Et qui est cet énigmatique individu qui se recueille sur la tombe de leur mère ?