Après quelques péripéties dans la région de Rush Valley, Edward et Alphonse quittent leur amie Winry, qui veut se perfectionner en mécanique, pour continuer leur voyage vers le sud du pays. Toujours en quête d'informations concernant la transmutation humaine, nos deux alchimistes se rendent chez leur maître, la terrible Izumi Curtis. C'est l'occasion de se remémorer les conditions de leur rencontre et le terrible entraînement qu'elle leur a fait subir. De passage à Dublith chez leur maître, les frères Elrics vont devoir faire face à une mystérieuse organisation composée d'hommes aux pouvoirs sortants de l'ordinaire. C'est aussi l'occasion de faire la connaissance de leur leader, le charismatique Greed qui s'avèrera être un adversaire de taille mais aussi d'en apprendre un peu plus sur la face cachée des hautes instances militaires d'Amestris. La route vers la vérité se dégage peu à peu...