Edward et Alphonse sont deux frères maîtrisant le mystérieux pouvoir de l'alchimie. Suite à la tentative de résurrection de leur mère, Edward a perdu sa jambe et Alphonse son corps complet. Alors que tout semblait perdu, Edward réussit à fixer l'âme de son frère dans une armure géante, le payant de son bras droit. Abandonnant l'insurmontable tâche de faire revivre leur génitrice, les frères se sont juré de trouver un moyen pour récupérer leur corps d'origine. Même s'ils doivent pour cela faire d'énormes sacrifices...Après un combat dévastateur contre l'énigmatique Scar, Edward et Alphonse se rendent dans leur village natal afin de réparer leurs corps meurtris. C'est l'occasion pour les frères Elric de retrouver Winry Rockbell, leur amie d'enfance ainsi que sa grand-mère, Pinako Rockbell, qui sont les mécaniciennes les plus réputées de la région. Mais le repos est de courte durée et nos alchimistes partent rapidement pour la capitale : Central City, afin de percer le secret de la pierre philosophale et du Laboratoire N°5?