Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki à la fin de la Seconde Guerre Mondiale, la famille Yggmillennia se sépare 60 ans plus tard de l'Association des Mages. Leur rébellion provoque une division entre 2 factions de Maîtres, invoquant chacun 7 esprits héroïques pour une guerre de front entre 14 Servants, le tout surveillé par Ruler, Servent médiateur envoyé directement par le saint Graal... Les deux factions se préparent au combat final et les alliances se forment entre Servants et Maîtres afin d'obtenir la Coupe sacrée suprême...