Après le Second Impact, catastrophe qui ravagea la surface de la Terre, il y a quinze ans, le monde renaît de ses cendres. Au Japon, les survivants se sont regroupés à Tokyo 3, la ville forteresse. Shinji y vit avec ses deux parents. Il partage son temps libre avec Asuka, son amie d'enfance dont il est secrètement amoureux. Tout bascule pour lui le jour où Rei Ayanami, une jeune fille de son âge, emménage avec lui !