Il faut récupéfrer les parties manquantes et ressusciter Hibiki ! Ninjas, libérez la puissance du "Ôka"
Il s'est écoulé six ans depuis l'apparition des Messies de Jôjin. Une poignée de Ninjas des clans Iga et Kôga se sont rassemblés autour d'Hachirô Kôga afin de récupérer les parties manquantes du corps d'Hibiki Iga. Ils se rendent donc dans le chateau de Jôjin qui se trouve sur les bords du lac Biwa. Chaque Ninja va alors devoir affronter un adversaire extrêmement puissant. Le premier de leurs affrontements est sur le point de commencer !!