À peine Accelerator a-t-il retrouvé Last Order que de nouveaux ennuis arrivent. Amata Kihara, un chercheur qui a participé aux expériences sur l'esper, parvient contre toute attente à le frapper au visage et à s'emparer de la petite fille ! Et comme si ça ne suffisait pas, voilà qu'Index débarque en plein milieu du combat...

De son côté, Tôma est témoin d'un phénomène étrange : des anti-skill mobilisés lors d'une attaque contre la Cité Académique tombent évanouis les uns après les autres... Pire encore, l'assaillant réussit à pénétrer dans l'enceinte de la ville, où il compte bien semer le chaos !